ABiS 生物画像解析トレーニングコース
“ImageJ を用いた画像データの処理と解析”

 

申し込み締め切り延長しました(2017/06/12; 12:00)

目的と概要

画像解析は画像データから有用な情報を抽出するために必須の手段であり,近年の生物科学分野における諸課題を解決するためには欠くことのできないものとなっています.画像解析は,顕微鏡等による画像取得から各種画像処理を経て,可視化データや数値結果の出力に至るまで,様々な過程で構成されます.最適な結果を得るためには,各過程の理論的背景を理解したうえで,生物画像の解析に適した要素技術を選択し,効果的に組み合わせていかなければなりません.しかし,一般的な生物学の大学・大学院教育において,このような内容を体系立てて学ぶ機会は多くはないため,研究に必要な画像情報学の基礎事項を習得し,実践していけるような学習の機会が求められています.
これまで,愛知県岡崎市の基礎生物学研究所で「生物画像データ解析トレーニングコース」を行ってきましたが,今後,より多くの方々のニーズに対応するため日本各地を巡回する出張トレーニングコースを企画しました.今年度は,東北・北海道近隣の学生や研究者の方々の参加がより便利になるよう,北海道大学で実施することになりました.
本トレーニングコースでは,画像解析アルゴリズムの基礎原理の講義からはじめ,生物画像処理に用いられるフィルタの設計や目的に応じた解析技術の適用に関して実習していきます.そしてそれらを踏まえ,ImageJのマクロ作成(プログラミング)による時系列データの処理等,より実践的な画像解析技術の実習を実施します.また,画像解析を念頭においた画像取得手法など,顕微鏡イメージングの基礎についても講義していきます.受講者自らが今後の研究に活用できるような画像解析の基礎固めを行うことを目的とし,標準的な生物画像解析の理論や技術の習得をめざします.

開催日程

2017年7月5日(水)~6日(木)

開催場所

北海道大学・電子科学研究所 1階会議室(札幌市北区北20条西10丁目)

受講対象

・生物学系の学生・研究者・技術者等で画像処理・解析技術の基礎を習得し,今後の研究に活用したいと考えている方.
・上記の者で,科研費採択者およびその関係者(自身が科研費に採択されていないポスドク,大学院生等で指導教員が科研費採択者の場合).

定員

10名程度(申込み多数の場合は選考あり.オーガナイザで選考後,採否を通知)

参加費

なし

旅費

支給なし

講師

木森義隆(ABiSトレーニング担当,新分野創成センター),加藤輝(新分野創成センター),野中茂紀(基礎生物学研究所),村田隆(基礎生物学研究所)

テキスト

電子媒体(pdf)で事前に配布 (ダウンロードサイトは後日ご連絡します)

使用するPCについて

ImageJをインストールしたPCを参加者各自で用意
*本トレーニングでは,ImageJを使用します.以下のサイトから各自のOS環境に適したものをダウンロードしてください.

https://imagej.nih.gov/ij/download.html
*演習に使用するサンプル画像,plugin等は当日配布します.

プログラム

7/5
時間 内容 担当
12:00 受付
13:00-13:05 開始の挨拶 木森
13:05-17:00 生物画像処理・解析の基礎の講義と演習 木森
17:00-18:00 画像解析を目的としたイメージングの基礎(講義) 村田
18:00- 交流会(予定)
7/6
時間 内容 担当
09:00-12:00 ImageJ マクロ演習(1) 野中
13:00-16:00 ImageJ マクロ演習(2) 加藤
16:00-16:30 質疑・応答 木森・加藤・野中・村田

応募方法

お申し込み

応募締め切り

2017年6月9日(金) 2017年6月12日(月)12:00

主催

新学術領域研究・学術研究支援基盤形成・先端バイオイメージング支援プラットフォーム(ABiS)

共催

北海道大学・電子科学研究所・ニコンイメージングセンター

問い合わせ先

ABiS画像解析トレーニング担当
木森義隆
(自然科学研究機構 新分野創成センター)

Email: kimori@orion.ac.jp
Tel: 0564-55-7513
自然科学研究機構 新分野創成センターイメージングサイエンス研究分野
〒444-8585 愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38